Các sườn núi cao của hòn đảo được rừng bao phủ và là một phần của Vườn quốc gia Obo, nông nghiệp là ngành quan trong gần bờ biển phía bắc và đông. Các nông sản xuất khẩu chính bao gồm cacao, cà phê, cơm dừa khô, và các sản phẩm từ cọ, ngoài ra đảo cũng có ngành đánh cá.

Có trữ lượng dầu lớn tại vùng biển giữa Nigeria và São Tomé. Phát hiện này gây nên một số quan ngại về sự ổn định chính trị của đất nước cũng như môi trường tự nhiên. Trong nỗ lực đáp lại các lo ngại, chính phủ São Tomé và Príncipe đã soạn thảo các điều liệt để đảm bảo sử dụng hiệu quả và công bằng các nguồn thu từ dầu theo thời gian.